子澄政见不合，出掌河南布政使。不久，仍诏还任兵部尚书。

明洪武三十四年六月。燕王举兵南下，逼临龙潭。惠帝遣瑺等人赴营议和。燕王入金陵，召问瑺公安邦大计。瑺公首劝燕王继统大位，以定天下，燕王纳之。燕王即位后之明成祖也。

茹瑺为官三十三年，辅佐朝政，宵衣旰食，勤于职守，慎于言行。深得明太祖、明成祖信赖。明太祖每称茹瑺为贤人君子。并颁“中外一人，中流砥柱”铁券丹书，蠲免其田塘园林赋税。赐“绳愆纠缪”图章一枚。下旨在衡山城南门外建贡元坊一座。

明成祖更是恩渥有加，登基后的一个半月内，连颁两道诰敕，封茹瑺之子茹鉴为中奉大夫，将秦王次女长安郡主许配茹鉴为妻。赐“贤人君子”图章一枚。

明永乐元年，明成祖封茹瑺为忠诚伯，食禄一千石，特进荣禄大夫。于衡山开云楼下敕建宫保牌坊一座。明成祖除赞誉茹瑺“威仪山立，气宇渊深。品物咸熙，令闻昭著于四方”外，还特赐御诗一首。诗中称道：“古今多出忠良士，罕有茹公立大勋。”

明永乐六年，茹瑺除政还乡。经长沙时因谷王阴蓄异志，遂不谒。谷王传言官劾之。时重藩礼，明成祖不得已以违祖制将茹瑺下锦衣狱。茹瑺悲愤交加，知难免一死。命子茹铨市毒药服之。明永乐七年二月遂冤死于狱中。

二十年后，其没收的田庐由明宣宗下旨悉数发还，其亲属遣戌广西河池亦释还。至此，冤狱方得平反昭雪。在《明史?茹瑺传》中记载：“瑺居官谨慎，谦和有容。其卒也，人皆惜之。”

茹瑺生前，有关系南岳神降生的传说即已在湘衡间流传，贩夫走卒，僧人老妪，皆有口碑。后编入《二十四史》，注有《忠诚集》。

茹瑺有三子：长子茹鉴、次子茹铨、幼子茹镛。二女：长适府军卫佥事王昭、次适神策卫指挥史黄隽。

朱棣北巡

永乐六年（1408）八月初一日，朱棣即决定北巡，命礼部、翰林院议定巡狩之仪。十一日，诏告天下：将于明年二月巡幸北京，命皇太子监国。亲王只离王城一程迎候，官吏军民于境内朝见，非经过之处，毋得出境。凡道途供应皆已节备，有司不得有所进献。不久，命礼部颁巡狩礼。并行各省：凡有重事及四夷来朝进表，俱达行在所，小事达京是由，启皇太子奏闻。永乐七年二月初八日告北巡于郊庙社稷，初九日成行，命吏部尚书蹇义，兵部尚书金忠、左春坊大学士黄淮、左谕德杨士奇留辅太子；户部尚书夏书吉、右谕德金幼孜、翰林学士胡广、右庶子杨荣扈从。三月十九至北京。

再征简定

永乐六年（1408）十二月，沐晟征剿简定失利，乞请援兵，于是，朱棣于永乐七年二月初九日命英国张辅佩征虏副将军印充总兵官，清远候王友为副，发南畿浙江、江西、福建、湖广、广东、广西等卫所军四万七千人赴交趾，会同沐晟，协力征剿简定。五月二十日，张辅率兵屯北江之仙游造舟，招周围郡县逃民复业。而此时，简定已称大越上皇、从子陈季扩称皇帝，改元重光。至八月初二日，简定兵来攻，张辅遣仪真、徐政接战、徐政督兵殊死战斗，简定兵败去，而徐政中飞枪身亡。同月二十一日，张辅转战于咸子关，简定将阮世海率众二万、列船六百余艘来战，张辅调兵遣将，乘船齐进，炮矢并发，斩首三千余级，溺死不计其数，生擒二百余人，获船四百余艘。阮世海收集败兵，退保黄江。张辅乘胜进击，遂平定交州、北江、谅江、新安、建昌、镇蛮等府。九月，张辅又率兵至太平海口，大败简定将邓景异。由于简定兵屡战屡败，陈季扩恐惧，遣人至张辅军中，自言为陈氏之后，请求封王，张辅痛斥道：奉命讨贼，不知其他！遂斩使者段自始，遣朱荣、蔡福等以步骑先行，张辅亲率舟师紧随，自黄江至神投海，会师清化，分道入磊江。于十一月初十日，在美良山中生擒简定及党羽，械送京师伏诛。十二月二十八日，朱棣令张辅班师。

奴儿干都司的设立

永乐七年（1409）闰四月初七日，朱棣应奴儿干卫官员于其地建立元帅府的请求，决定正式设立奴儿干都指挥使司。任东宁卫指挥康旺为都指挥同知、千户王肇舟为都指挥佥事。六月增置经历司，设经历一员。经过一段筹备之后，于永乐九年春，由宦官亦失哈率官军一千余人、巨船二十五艘，护送康旺、王肇舟等官员，至亨滚河对岸的特林，正式开设奴儿干都司。从而成为直属朝廷、军政合一的地方最高权力机构，管辖辖区的军政事务，统属其众，岁贡海青等物，仍设驿站递送。标志明王朝对该地区的有效统治。

封蒙古瓦剌部诸王

瓦剌原在叶尼塞河上游，一直受元分封，且可与元皇室通婚。元末瓦剌已向西发展，至阿尔泰山以西。元亡后，猛哥帖木儿占据瓦剌。他死后，瓦剌部落由马哈木、太平、把秃孛罗三首领控制，势力日盛，与蒙古阿苏特部领主阿鲁台相仇杀。朱棣为利用矛盾，削弱、牵制阿鲁台的势力，遂于永乐七年（1409）五月二十四日，成祖封瓦剌马哈木