波风水门与漩涡明奈婚后不久，三代火影不知从何处弄来一部分九尾的阴属性查克拉，竟将其封印在了漩涡明奈的身上。

一年后，就在漩涡明奈即将临盆之际，神秘面具人带土如原著中一般，悄然出现在明奈面前，强行将她和她腹中的孩子鸣人掳走。恰逢此时，波风水门正好回家，恰好撞见这一幕，顿时怒目圆睁，二话不说便朝着带土追去。

带土将水门为避免意外决定放出力尾，他将明奈放置在火影岩上后，迅速进入明奈的精神世界，强行释放出她体内的九尾。刹那间，九尾那庞大的身躯出现在木叶村，仰天咆哮，恐怖的查克拉风暴席卷四周。带土则控制着九尾，让它在木叶大肆破坏。

而赶来的波风水门眼见到这一幕，心急如焚，为了木叶只好先放弃救回明奈和孩子施展飞雷神之术，在村子中来回穿梭，解救着被九尾攻击的村民。然而，九尾发出的尾兽玉威力巨大，所造成的伤亡与水门所救之人完全不成正比。水门见后暗暗咬咬牙，为了救更多的人。”

他决定直面九尾，于是他顶着九尾的尾兽玉，一步步靠近带土和九尾。心中只有一个念头，那就是施展封印术，将九尾封入体内。带土见状，脸上露出一丝惊慌，怒喝道：“休想！”想要阻止水门，却被赶来的三代火影和其他上忍死死缠住。带土无奈，只好暂且撤退离开。

而在另一边，九尾在带土离开后，似乎恢复了一丝清醒。眼见即将被封印，九尾不甘地伸出巨大的爪子，想要抓死水门。没想到，这一幕被虚弱的明奈看见。她眼中闪过一抹决绝，不顾自己的安危，猛地扑了过去，挡在了水门面前。然而，她的做法还是没能保住水门，两人都被九尾的利爪击穿。

水门嘴角溢出鲜血，他知道自己时日不多，眼中却满是温柔与不舍。他拼着最后一口气，与明奈一起将九尾查克拉分成了两份，融入自己和鸣人体内。在弥留之际，水门紧紧握住明奈的手，轻声说道：“明奈，我爱你。好好照顾鸣人。”说完，便缓缓闭上了眼睛，离开了人世。

明奈泪流满面，她那原本充满活力的脸庞此刻满是悲伤。由于漩涡一族强大的生命力，她硬生生等到三代火影过来。她颤抖着将鸣人交给三代，深情地看了一眼水门，随后也陪着水门离开了这个世界。

而全程目睹这一切的林明却并没有帮忙。他静静地站在那里，看着宇智波富岳在宇智波美琴失踪后与另一名族内女子生下的第一个孩子宇智波鼬在宇智波族内奔袭救助伤员的身影发呆。在他一旁的则是被他救下的宇智波泉以及她的母亲明美。

此时的泉刚被林明救下，还很害怕，紧紧地抱着林明的胳膊，声音颤抖着问道：“明哥哥，刚才那个怪物是什么？”林明看着身体微微颤抖的泉，温柔地摸摸她的头，轻声说道：“那是九尾，一种由查克拉形成的生命。”泉听后有些似懂非懂，正要说什么时，暗部的人就过来了，命令几人回到宇智波族地，接受火影的调查。泉还想说什么，却被母亲明美捂住了嘴。明美眼神中满是担忧，拉着她和林明回了族地。

在此之后，由于带土放出了九尾，三代火影对宇智波一族进行了为期三年的调查。直到没有任何发现，这才作罢。但因这事，宇智波一族还是被赶出了木叶中心，被迁往了村外。身为族长的宇智波富岳虽然生气，但也很是无奈，只好下达了搬离的命令。

至此，木叶与宇智波一族产生了深深的隔阂。而且由于九尾的原因，那些失去双亲的平民恨起了宇智波一族。但由于宇智波一族太过强大，他们只好将仇恨埋入心底。而见到这一幕的三代火影不仅没为宇智波一族解释，反而推波助澜，加深平民对宇智波一族的仇恨。而他自己却是和团藏一起，悄悄吞食宇智波一族的资产。